Метод сборки контигов геномных последовательностей из парных чтений с ошибками вставки и удаления на основе совместного применения графов де Брёйна и графов перекрытий
Сборка генома как одна из задач современной биологии и медицины. Алгоритм, использующий небольшой объем оперативной памяти и позволяющий использовать чтения с ошибками вставки и удаления. Сборка контигов из квазиконтигов с использованием графа перекрытий.
Подобные документы
Понятие и представление графов. Матрица смежности как один из самых распространенных способов хранения графа. Расчеты временной сложности хранения графа списком дуг. Обходы и поиск кратчайшего пути в графах, алгоритмы Дейкстры и Флойда-Уоршелла.
реферат, добавлен 18.03.2016Понятие графов и их виды: ориентированные, неориентированные и смешанные. Матричное и теоретико-множественное представление графов. Существующие способы представления графов в вычислительной технике. Алгоритм Беллмана-Форда и алгоритм Флойда-Уоршелла.
курсовая работа, добавлен 13.10.2017Теория графов и алгоритмы на графах, их наиболее широкое применение в программировании. Описание основных программных моделей. Наличие наглядной графической интерпретации состояния графа. Визуализация графов и их алгоритмов средствами Macromedia Flash.
статья, добавлен 11.03.2018Понятие и матричное представление графов. Определение матрицы смежности и матрицы идентичности. Алгоритм "умножения матриц". Применение алгоритма Флойда-Уоршалла для поиска кратчайших путей в графе. Построение минимального скелета нагруженного графа.
презентация, добавлен 18.03.2016Определения и понятие теории графов. Алгоритм нахождения кратчайшего расстояния от одной из вершин графа до всех остальных, работающий только для графов без ребер отрицательного веса. Реализация алгоритма Дейкстры на языке программирования Delphi.
курсовая работа, добавлен 16.06.2014Решение прикладных задач при помощи процедур анализа графовых моделей. Задачи поиска кратчайших путей на основе алгоритма Флойда и нахождения минимального охватывающего дерева. Масштабирование и распределение подзадач обработки графов по процессорам.
лекция, добавлен 17.09.2013Анализ понятия граф. Рассмотрение вершин, достижимости и длины пути. Классификация и примеры графов. Способы их представления. Преимущества матрицы смежности и иерархического списка. Исследование алгоритма Дейкстры. Создание графа в программе "ProGraph".
презентация, добавлен 20.04.2015Построение деревьев и графов принятия решений и исследование качества классификационных моделей на их основе. Повышение эффективности описательной и обобщающей способности по сравнению с классическим и нейросетевым алгоритмом на основе деревьев решений.
статья, добавлен 08.02.2022Формирование уравнений электрической цепи на основе теории графов. Матрица инциденций, модифицированные методы узловых потенциалов с использованием графов тока и напряжения. Компьютерная программа анализа. Составление графов и решение уравнений схемы.
лабораторная работа, добавлен 06.07.2009Наглядное отображение объектов. Моделирование и формализация. Многообразие графических информационных моделей. График описания движения. Понятие объектов, связей и графов. Понятие взвешенного графа. Сеть и дерево. Использование графов при решении задач.
презентация, добавлен 31.10.2017- 11. Связные графы
Вершинная и реберная связность в математике. Оценка компонентов связности графа. Схематичное изображение графа, его блоков и точек сочленения. Логические операции определения ребер и вершин графов. Метод нахождения блока графа. Определение блоков графа.
презентация, добавлен 25.09.2017 Разработка программного обеспечения для решения задач поиска кратчайшего пути между вершинами графа на языке программирования Delphi с помощью алгоритма Дейкстры. Достоинства динамических массивов, понятия теории графов, представление графов на ЭВМ.
курсовая работа, добавлен 07.06.2011Необходимость реорганизации файла при операциях вставки, удаления, модификации. Метод группировки нескольких вершин дерева в один блок ввода-вывода. Свойства В-дерева, представляющего собой сильно ветвящееся дерево. Увеличение количества ключей в блоке.
реферат, добавлен 16.06.2013История возникновения и развития теории графов. Представление информации в форме графа. Эффективные алгоритмы на графах. Поиск эйлерова пути. Алгоритм нахождения кратчайшего элементарного пути с использованием структуры данных "приоритетная очередь".
конспект урока, добавлен 10.05.2012Технология сборки персонального компьютера из отдельных компонентов. Подготовка корпуса системного блока. Установка материнской платы, устройства охлаждения процессора, оперативной памяти и звуковой карты. Подключение соединительных кабелей и шлейфов.
лабораторная работа, добавлен 24.12.2014Изучение алгоритмов генерации случайных графов, разработка нового алгоритма, его реализация, проведение необходимых испытаний. Разбор методов генерации графов Барабаши-Альберт, Эрдеша-Реньи; графов с нелинейным правилом предпочтительного связывания.
дипломная работа, добавлен 11.10.2017Суть итерационных алгоритмов разрезания графов. Выбор первого случайного разрезания с дальнейшими перестановками вершин с одного куска в другой с целью минимизации числа соединительных ребер. Итерационный алгоритм с использованием матрицы смежности.
лекция, добавлен 12.06.2016Изучение понятия транзакции – неделимой с точки зрения воздействия на базу данных последовательности операторов манипулирования данными (чтения, удаления, вставки, модификации). Рассмотрение и характеристика основных сервисных программных средств.
презентация, добавлен 21.02.2016- 19. Теория графов
Понятие о графе. Способы задания, достижимость и обратная достижимость вершин графа. Разбиение графа на подграфы. Решение задачи о максимальном потоке в графе на основе линейного программирования. Кратчайший остов графа. Задача о наименьшем покрытии.
статья, добавлен 15.01.2018 Алгоритм метода ветвей и границ, правила ветвления, формирование нижних и верхних оценок целевой функции. Теория графов, постановка задачи, алгоритм ее решения. Анализ методов решения задачи коммивояжера, определение области их эффективного действия.
курсовая работа, добавлен 12.01.2015Достоинства объектно-ориентированной модели общей памяти как средства обмена данными в Т-системе. Решения, использованные при построении Суперпамяти. Особенности используемого алгоритма распределенной сборки мусора. Повторное использование ячеек.
статья, добавлен 29.10.2018Разработка нового метода удаления выбросов из обучающих выборок систем распознавания, основанного на построении сокращенных взвешенных выборках w-объектов. Алгоритмы удаления выбросов при автоматическом и определяемом пользователем порогах фильтрации.
статья, добавлен 22.03.2016Комбинаторная оптимизация, заключающаяся в отыскании самого выгодного маршрута как задача коммивояжера или знаменитая задача теории комбинаторики. Теория графов и обход графов. Полный перебор, жадные алгоритмы, метод минимального остовного дерева.
автореферат, добавлен 25.09.2015Моделирование как метод решения прикладных задач по информатике. Исследование основных терминов теории графов. Поиск кратчайшего пути. Сравнение строковых данных. Кодирование и расшифровка информации. Характеристика динамического программирования.
курсовая работа, добавлен 22.02.2019Актуальность разработки библиотек для работы с графами. Библиотека AGraph, внутреннее представление графов. Базовые средства и использование атрибутов. Поддержка различных видов графов. Ввод и вывод графов. Создание специализированных классов графов.
реферат, добавлен 15.01.2012